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如何下載uniprot數(shù)據(jù)庫？
隨著研究生物學和基因組學的發(fā)展，大量的蛋白質(zhì)序列信息被積累到了各種數(shù)據(jù)庫中。這些信息對于研究者來說是非常重要的，Uniprot數(shù)據(jù)庫就是其中一個重要的數(shù)據(jù)庫之一。在這篇文章中，我將介紹如何下載Uniprot數(shù)據(jù)庫并快速獲取所需信息。
介紹Uniprot數(shù)據(jù)庫
Uniprot數(shù)據(jù)庫（全稱為Universal Protein Resource）是一個綜合性的蛋白質(zhì)信息庫，由Swiss-Prot、TrEMBL和PDB三個子數(shù)據(jù)庫組成。Swiss-Prot包含高質(zhì)量的蛋白質(zhì)信息，TrEMBL包含未經(jīng)過詳細注釋的蛋白質(zhì)信息，PDB是蛋白質(zhì)結構數(shù)據(jù)庫。
Uniprot數(shù)據(jù)庫包含了大量的蛋白質(zhì)序列信息、功能注釋、基因組注釋、生物化學特性、結構信息等，以及一些有趣的數(shù)據(jù)分析和可視化功能。世界各地的生物學家、生物信息學家、藥學研究人員等都會使用Uniprot數(shù)據(jù)庫作為其蛋白質(zhì)信息的主要來源。
如何下載Uniprot數(shù)據(jù)庫？
1. 下載Uniprot數(shù)據(jù)庫的數(shù)據(jù)文件
你需要到Uniprot數(shù)據(jù)庫的官網(wǎng)（https://www.uniprot.org/）上下載數(shù)據(jù)庫的數(shù)據(jù)文件。在Uniprot搜索框中輸入你感興趣的蛋白質(zhì)或基因的ID或關鍵詞，點擊搜索按鈕，你將看到與此關鍵詞相關的所有蛋白質(zhì)信息的列表。
在搜索結果頁面上，你可以按照不同的過濾器來篩選出你需要的信息。例如，你可以根據(jù)特定的Organi（生物體）或Protein Name（蛋白質(zhì)名稱）來篩選結果。你需要選擇所需的蛋白質(zhì)并點擊下載按鈕以下載相應的數(shù)據(jù)文件。
下載的數(shù)據(jù)文件可以是不同的格式，包括文本、XML、FASTA、GFF等。選擇下載的格式取決于你使用的分析軟件，以及你的研究目的。
2. 下載Uniprot數(shù)據(jù)庫的軟件工具
為了更好地利用Uniprot數(shù)據(jù)，您可以下載一些特定的軟件工具，包括：
– UniProt-Tools: 這是一組Python腳本，用于解析和處理Uniprot數(shù)據(jù)，包括下載fasta文件、轉(zhuǎn)換格式等。
– SwissKnife: 這是一個可視化的工具，用于從Swiss-Prot和TrEMBL蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫中搜索、瀏覽和分析蛋白質(zhì)序列和注釋。
– ApE（A plaid editor）: 這是一個廣泛使用的序列編輯器，也可以用于處理Uniprot序列數(shù)據(jù)。
所有這些軟件工具都可以在Uniprot數(shù)據(jù)庫官網(wǎng)上找到，您可以根據(jù)自己的需要選擇下載。
3. 使用Web服務
除了下載數(shù)據(jù)文件和軟件工具，Uniprot還提供了一些Web服務，包括：
– BLAST：這是一種常用的搜索工具，可以根據(jù)一個查詢序列在Uniprot數(shù)據(jù)庫中搜索相似的序列。
– Retrieve/ID Mapping：可以查找Uniprot數(shù)據(jù)庫中特定蛋白質(zhì)的信息，并將這些信息與其他數(shù)據(jù)庫中的信息進行比較。
– UniProtKB Keywords：用于搜索Uniprot數(shù)據(jù)庫中的蛋白質(zhì)關鍵詞。
– Protein Feature Viewer：一個蛋白質(zhì)結構可視化工具，可以顯示蛋白質(zhì)序列的各種屬性信息，如功能注釋、序列特征等。
所有這些Web服務都可以在Uniprot數(shù)據(jù)庫官網(wǎng)上找到。
結論
Uniprot數(shù)據(jù)庫（Universal Protein Resource）是一個綜合性的蛋白質(zhì)信息庫，包含了大量的蛋白質(zhì)序列信息、功能注釋、基因組注釋、生物化學特性、結構信息等。下載Uniprot數(shù)據(jù)庫可以使用多種方法，包括下載數(shù)據(jù)文件、下載軟件工具，以及使用Web服務。一旦你熟悉了這些工具，就可以快速有效地利用Uniprot數(shù)據(jù)庫來獲取你需要的信息和數(shù)據(jù)。
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1 .首先打開官網(wǎng)，在搜索框前面的選擇框中選擇“gene”，在后面的搜索框中鍵入“CD47”，點擊search
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2 .可以在彈出的新頁面中查看搜索結果。 你可以在這里看到各種相關基因的鏈接。 這里選擇單擊CD47molecule
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3 .在彈出的網(wǎng)頁上可以看到這種蛋白質(zhì)的概要
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4 .往下拉，可以看到基因信息、染色體上的位置、表達分布、相互作用、蛋白質(zhì)和mRNA的序列等其他信息。 這里隱藏了所有的信息，只顯示標簽，有興趣的人可以自己點擊查看。 另外，里面的信息可以看引用文獻。
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這是基因信息和染色體上的位置
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表現(xiàn)分布。 上面的復選框是數(shù)據(jù)源
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PubMed中的文獻及蛋白質(zhì)功能相關文獻
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mRNA和蛋白質(zhì)序列
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5 .接下來我們來看看mRNA序列。 可以看到序列號、長度、相關文獻等。
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為了能看到mRNA上陪寬每個區(qū)域的劃分、外顯子、編碼區(qū)域、氨基酸序列等，會持續(xù)下降。
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7 .點擊前面的“CDS”，最后的序列中就會看到編碼靶蛋白質(zhì)的核酸序列。 點擊fasta可以下載序列。
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uniprot這個名字是通用蛋白質(zhì)的英文縮寫，介紹信息豐富的蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫。
1 .同樣搜索“CD47”這種蛋白質(zhì)吧。
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2 .下面是這一頁跳出的結果。
中間的表包括蛋白質(zhì)的標簽、蛋白質(zhì)和基因名稱、是否人工注釋(黃色標簽)、屬種等。
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3 .在這里，選擇第3個“CD47_HUMAN”。 緊挨著跳躍的網(wǎng)頁有蛋白質(zhì)名基因名和屬種。
頁面的左側是整個網(wǎng)頁的目錄，其中包含有關該蛋白質(zhì)的所有信息，包括功能、細胞定位、PTM、交互、高級結構、序列和其他數(shù)據(jù)庫的鏈接。
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這是蛋白質(zhì)細胞定位和序列的域
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這是蛋白質(zhì)的結構信息，點擊后面的鏈接，可以在RCSB數(shù)據(jù)庫中查看攜亂鍵詳細信息。
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以下為序列信息，包含4個可變拼接體。
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以下是關于該蛋白質(zhì)的其他數(shù)據(jù)庫的信息
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以辯巧上就是今天的分享。 周邊很多人主要沒聽說過蛋白的信息，或者沒想到找的時候會去看蛋白的信息。 如果在閱讀文獻之前能夠搜索這些數(shù)據(jù)庫，大致了解蛋白質(zhì)的信息，在閱讀文獻時就會在心中計數(shù)。
歐洲生物信息研究所哪個老板比較厲害
GenBank是一個有來自于70,000多種生物的核苷酸序列的數(shù)據(jù)庫。每條紀錄都有編碼區(qū)（CDS）特征的注釋，還包括氨基酸的翻譯。GenBank屬于一個序列數(shù)據(jù)庫的國際合作組織，包括EMBL和DDBJ。完整的GenBank數(shù)據(jù)庫包括序列文件，索引文件以及其它有關文件。索引文件是根據(jù)數(shù)據(jù)庫中作者、參考文獻等建立的，用于數(shù)據(jù)庫查詢。GenPept是由GenBank中的核酸序列翻譯而得到的蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫，其數(shù)據(jù)格式為FastA。GenBank中最常用的是序列文件。序列文件的基本單位是序列條目，包括核苷酸堿基排列順序和注釋兩部分。目前，許多生物信息資源中心通過計算機網(wǎng)絡提供該數(shù)據(jù)庫文件。下面，我們介紹序列文件的結構。GenBank序列文件由單個的序列條目組成。序列條目由字段組成，每個字段由關鍵字起始，后面為該字段的具體說明。有些字段又分若干次子字段，以次關鍵字或特性表說明符開始。每個序列條目以雙斜杠“//”作結束標記。序列條目的格式非常重要，關鍵字從之一列開始，次關鍵字從第三列開始，特性表說明符從第五列開始。每個字段可以占一行，也可以占若干行。若一行中寫不下時，繼續(xù)行以空格開始。。序列條目的關鍵字包括LOCUS(代碼)，DEFINITION(說明)，ACCESSION(編號)，NID符(核酸標識)，KEYWORDS(關鍵詞)，SOURCE(數(shù)據(jù)來源)，REFERENCE(文獻)，F(xiàn)EATURES(特性表)，BASECOUNT(堿基組成)及ORIGIN(堿基排列順序)。先版的核酸序列數(shù)據(jù)庫將引入新的關鍵詞SV(序列版本號)，用“編號.版本號”表示，并取代關鍵詞NID。LOCUS(代碼)：是該序列條目的標記，或者說標識符，蘊涵這個序列的功能。例如，圖4.1中所示的HUMCYCLOX表示人的環(huán)氧化酶cyclooxygenase。該字段還包括其它相關內(nèi)容，如序列長度、類型、種屬來源以及錄入日期等。說明字段是有關這一序列的簡單描述，如本例為人環(huán)氧化酶-2的mRNA全序列。ACCESSION(編號)：具有唯一性和永久性，如本例中代碼M90100用來表示上述人環(huán)氧化酶-2的mRNA序列，在文獻中引用這個序列時，應該以此編號為準。KEYWORDS(關鍵詞)字段：由該序列的提交者提供，包括該序列的基因產(chǎn)物以及其它相關信息，如本例中環(huán)氧化酶-2(cyclooxygenase-2)，前列腺素合成酶(prostaglandinsynthase)。SOURCE(數(shù)據(jù)來源)字段：說明該序列是從什么生物體、什么組織得到的，如本例中人臍帶血(umbilicalvein)。次關鍵字ORGANI(種屬)指出該生物體的分類學地位，如本例人、真核生物等等(詳見圖褲笑4.1)。REFERENCE(文獻)字段：說明該序列中的相關文獻，包括AUTHORS(作者)，TITLE(題目)及JOURNAL(雜志名)等，以次關鍵詞列出。該字段中還胡春含列出醫(yī)學文獻摘要數(shù)據(jù)庫MEDLINE的代碼。該代碼實際上是個超文本鏈接，點擊它可以直接調(diào)用上述文獻摘要。一個序列可以有多篇文獻，以不同序號表示，并給出該序列中的哪一部分與文獻有關。FEATURES(特性表)：具有特定的格式，用來詳細描述序列特性。特性表中帶有‘/db-xref/’標志的字符可以連接到其它數(shù)據(jù)庫，如本例中的分類數(shù)據(jù)庫（taxon9606），以及蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫（PID：g181254）。序列中各部分的位置都在表中標明，5’非編碼區(qū)(1-97)，編碼區(qū)()，3’非編碼區(qū)()，多聚腺苷酸重復區(qū)域森絕()，等等。翻譯所得信號肽以及最終蛋白質(zhì)產(chǎn)物也都有所說明。當然，這個例子只是特性表的部分注釋信息，但已經(jīng)足以說明其詳細程度。接下來是堿基含量字段，給出序列中的堿組成，如本例中1010個A，712個C，633個G，1032個T。ORIGIN行是序列的引導行，接下來便是堿基序列，以雙斜杠行“//”結束。infomatics/Web/CharpterFour/4.3.htm”target=”_blank”>）。UniProt包含3個部分：（1）UniProtKnowledgebase（UniProt），這是蛋白質(zhì)序列、功能、分類、交叉引用等信息存取中心；（2）UniProtNon-redundantReference（UniRef）數(shù)據(jù)庫，該數(shù)據(jù)庫將密切相關的蛋白質(zhì)序列組合到一條記錄中，以便提高搜索速度；目前，根據(jù)序列相似程度形成3個子庫，即UniRef100、UniRef90和UniRef50；（3）UniProtArchive（UniParc），是一個資源庫，記錄所有蛋白質(zhì)序列的歷史。用戶可以通過文本查詢數(shù)據(jù)庫，可以利用BLAST程序搜索數(shù)據(jù)庫，也可以直接通過FTP下載數(shù)據(jù)。蛋白質(zhì)分析數(shù)據(jù)庫（uniprot）：對uniprot蛋白數(shù)據(jù)庫，包括其數(shù)據(jù)和序列格式，檢索工具以及一些免費工具做出詳細的介紹。簡單的說，GenBank是核苷酸數(shù)據(jù)庫，RefSeq是基因數(shù)據(jù)庫，UniProt是蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫。他們之間無疑有著很深的聯(lián)系，但區(qū)別在于數(shù)據(jù)庫系統(tǒng)，形式，和范圍。希望能夠幫到你！
uniprot數(shù)據(jù)導不出
軟件bug。UniProt是UniversalProtein的英文縮寫，是信息最豐富、資源最臘禪廣的蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫軟件，部分用戶出現(xiàn)了uniprot數(shù)據(jù)導不出是因為該軟件內(nèi)部出現(xiàn)了bug，截止2023年10月19日，該軟件bug已經(jīng)被修復，用戶舉局悉重新進入軟正乎件即可。
關于uniprot數(shù)據(jù)庫下載的介紹到此就結束了，不知道你從中找到你需要的信息了嗎 ？如果你還想了解更多這方面的信息，記得收藏關注本站。
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