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隨著生物技術(shù)的快速發(fā)展，測(cè)序技術(shù)成為對(duì)生物科學(xué)研究的重要支撐。而為了更好地保管、管理這些巨大的基因數(shù)據(jù)，原始數(shù)據(jù)測(cè)序數(shù)據(jù)庫(kù)開(kāi)始逐漸嶄露頭角，成為生物醫(yī)學(xué)領(lǐng)域數(shù)據(jù)管理工作的選擇之地。
原始數(shù)據(jù)測(cè)序數(shù)據(jù)庫(kù)的開(kāi)發(fā)，主要是為了解決基因組測(cè)序及其他數(shù)據(jù)處理的問(wèn)題。其主要功能是保存、管理生物分子數(shù)據(jù)，包括原始測(cè)序數(shù)據(jù)及相關(guān)信息。同時(shí)，這些數(shù)據(jù)庫(kù)也為用戶提供了多樣的基因注釋、分析、可視化等數(shù)據(jù)分析工具。
在選取原始數(shù)據(jù)測(cè)序數(shù)據(jù)庫(kù)時(shí)，有以下幾個(gè)重要的因素需要考慮：
1.數(shù)據(jù)容量
數(shù)據(jù)容量是衡量一個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)優(yōu)劣的重要指標(biāo)，因?yàn)槠渲苯記Q定著一個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)能否承載測(cè)序數(shù)據(jù)，并進(jìn)行數(shù)據(jù)分析、序列比對(duì)、注釋等操作。因此，選擇一個(gè)容量充足、響應(yīng)迅速的數(shù)據(jù)庫(kù)極為重要。
2.數(shù)據(jù)質(zhì)量
數(shù)據(jù)質(zhì)量是測(cè)序數(shù)據(jù)的關(guān)鍵屬性之一，因此需要優(yōu)質(zhì)的數(shù)據(jù)來(lái)源和處理過(guò)程。一些數(shù)據(jù)處理的技術(shù)與算法，如序列去重、SNP檢測(cè)、模式識(shí)別等，都能夠提高數(shù)據(jù)質(zhì)量，確保數(shù)據(jù)可靠性。
3.數(shù)據(jù)可視化
擁有數(shù)據(jù)可視化功能的測(cè)序數(shù)據(jù)庫(kù)非常受歡迎。這些工具能夠以圖表、圖形等方式展示數(shù)據(jù)，方便研究人員查找或者比較關(guān)鍵數(shù)據(jù)。
4.數(shù)據(jù)交互性
測(cè)序數(shù)據(jù)通常需要進(jìn)行相關(guān)的查詢或者比較，數(shù)據(jù)交互性成為有效搜索和交流的測(cè)試。要選擇與其他數(shù)據(jù)處理工具或者系統(tǒng)兼容的數(shù)據(jù)庫(kù)，確保能夠進(jìn)行多維度的比較。
為滿足這些要求，許多原始數(shù)據(jù)測(cè)序數(shù)據(jù)庫(kù)如NCBI、EMBL-EBI、BOLD、GenBank等都在數(shù)據(jù)容量、數(shù)據(jù)質(zhì)量、數(shù)據(jù)可視化、數(shù)據(jù)交互性等方面做出了不斷的努力和改善。用戶能夠充分利用這些數(shù)據(jù)庫(kù)，通過(guò)相關(guān)的測(cè)序和分析工具提取有價(jià)值的信息和知識(shí)。
NCBI
NCBI（National Center for Biotechnology Information）是美國(guó)國(guó)家生物技術(shù)信息中心創(chuàng)建的生物分子數(shù)據(jù)存儲(chǔ)管理平臺(tái)。其中包括各種生物分子數(shù)據(jù)，如核苷酸、蛋白質(zhì)、基因表達(dá)數(shù)據(jù)等。NCBI操作簡(jiǎn)便，提供豐富的數(shù)據(jù)查詢和分析等功能，并且是更受歡迎的原始數(shù)據(jù)測(cè)序數(shù)據(jù)庫(kù)之一。
EMBL-EBI
EMBL-EBI（European Molecular Biology Laboratory-European Bioinformatics Institute）是歐洲分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)室創(chuàng)建的生物信息學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)。在EMBL-EBI上，可以訪問(wèn)各種基因組，可以對(duì)測(cè)序數(shù)據(jù)進(jìn)行注釋和分析，并提供有助于研究的數(shù)據(jù)可視化和交互性工具。
BOLD
BOLD（Barcode of Life Database）是一個(gè)在線的Barcoding系統(tǒng)，旨在為生物特征體系分類(lèi)學(xué)和生態(tài)學(xué)提供支持。其中擁有成千上萬(wàn)的記錄，包括昆蟲(chóng)、植物、鳥(niǎo)類(lèi)等相關(guān)數(shù)據(jù)，是一方面用于生物區(qū)分和分類(lèi)的現(xiàn)代生物信息學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)。
GenBank
GenBank是由美國(guó)國(guó)立醫(yī)學(xué)圖書(shū)館的國(guó)家生物技術(shù)信息中心維護(hù)的一個(gè)在線數(shù)據(jù)庫(kù)，主要收錄NCBI的核苷酸序列、蛋白質(zhì)序列等基因組信息。此外，GenBank還收錄了很多生物科學(xué)的研究者發(fā)現(xiàn)的基因序列數(shù)據(jù)，并提供該數(shù)據(jù)的注釋、比對(duì)、分析等工具，非常適用于基因組信息分析和研究。
總而言之，原始數(shù)據(jù)測(cè)序數(shù)據(jù)庫(kù)是現(xiàn)代生物科學(xué)研究和發(fā)展的重要基礎(chǔ)。無(wú)論是從數(shù)據(jù)容量、數(shù)據(jù)質(zhì)量、數(shù)據(jù)可視化、數(shù)據(jù)交互性等方面考慮，NCBI、EMBL-EBI、BOLD、GenBank等數(shù)據(jù)庫(kù)最終都致力于為用戶提供更高效、更準(zhǔn)確的數(shù)據(jù)管理與查詢工具。通過(guò)合理選擇和利用這些數(shù)據(jù)庫(kù)，我們可以更好地解析生物分子數(shù)據(jù)，深度挖掘生物科學(xué)的奧秘。
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轉(zhuǎn)錄組測(cè)序1-測(cè)序原始數(shù)據(jù)說(shuō)明
轉(zhuǎn)錄組測(cè)序是最常用的組學(xué)實(shí)驗(yàn)，對(duì)全譜基因定量，找到差異表達(dá)基因。RNAseq涉及到原始數(shù)據(jù)，數(shù)據(jù)質(zhì)控，基因組比對(duì)，差異基因鑒定，差異基因功能富集分析，重要基因如轉(zhuǎn)錄因子激酶物寬的靶基因預(yù)測(cè)等，我們用10講的時(shí)間，全面講解轉(zhuǎn)錄組測(cè)序報(bào)告，及在上百個(gè)項(xiàng)目中遇到的近百個(gè)常見(jiàn)問(wèn)題。
本節(jié)視頻是第1講，從測(cè)序原始下機(jī)數(shù)據(jù)開(kāi)始講起。樣品制備到產(chǎn)出測(cè)序數(shù)據(jù)過(guò)程，是RNA提取建局散庫(kù)和測(cè)序的試驗(yàn)環(huán)節(jié)。在使用Illumina系列的儀器進(jìn)行測(cè)序后，測(cè)序下機(jī)數(shù)據(jù)以fastq文件存儲(chǔ)，稱為raw data（或raw reads），記錄了轉(zhuǎn)錄組RNA序列的堿基組成信息。
（1） 如何查看fastq文件；
（2） fastq文件的基本格式，每一行的主要信息；
（3） 如何在fastq文件中評(píng)估堿基質(zhì)量，代表堿基質(zhì)量的ASCII值和單堿基測(cè)序錯(cuò)誤率之間怎樣換算；
（4） N堿基代表什么，常說(shuō)的Q20、Q30等與測(cè)序質(zhì)量間存在怎樣的關(guān)系，一般它們多少時(shí)代表測(cè)序質(zhì)量是合格的；
（5） 為什么一罩臘亮個(gè)樣本對(duì)應(yīng)R1和R2兩個(gè)fastq文件，什么是雙端測(cè)序。
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標(biāo)題名稱：原始數(shù)據(jù)測(cè)序數(shù)據(jù)庫(kù)：數(shù)據(jù)處理的選擇之地(rawdata測(cè)序數(shù)據(jù)庫(kù))
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