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blast蛋白是哪個？
1、BLASTP是蛋白序列到蛋白庫中的一種查詢。庫中存在的每條已知序列將逐一地同每條所查序列作一對一的序列比對。
2、BLASTX是核酸序列到蛋白庫中的一種查詢。先將核酸序列翻譯成蛋白序列（一條核酸序列會被翻譯成可能的六條蛋白），再對每一條作一對一的蛋白序列比對。
3、BLASTN是核酸序列到核酸庫中的一種查詢。庫中存在的每條已知序列都將同所查序列作一對一地核酸序列比對。
4、TBLASTN是蛋白序列到核酸庫中的一種查詢。與BLASTX相反，它是將庫中的核酸序列翻譯成蛋白序列，再同所查序列作蛋白與蛋白的比對。
Nonber是什么意？
blast 的全稱是 basic local alignment search tool 是一種極其常見的序列比對工具。其中包含幾個模塊（可以這么認為），blastn blastp blastx，tblastx 等等。blastp 用于蛋白序列之間的比對。
ncbi中怎么進行批量blast？
用C++重構(gòu)的那個版本，蛋白比對速度快了好多倍。
不要直接blastx。你既然是mRNA，那么ORF顯然只有一個。先找出這個，然后直接做blastp。
不要使用全蛋白的數(shù)據(jù)庫，而是做一些篩選。你可以選擇：
只選出mRNA對應(yīng)目標物種的蛋白。
只使用注釋良好的蛋白，比如用SwissProt。
使用去冗余的蛋白庫，比如UniRef90，或者自己去冗余。
也可以以上都做。
當(dāng)然，你還可以搞個大點的電腦。NCBI的blast可以開多線程。
e值和p值有什么區(qū)別？
BLAST中使用的統(tǒng)計值有概率p值和期望e值。
E期望值（E-value）這個數(shù)值表示你僅僅因為隨機性造成獲得這一比對結(jié)果的可能次數(shù)。這一數(shù)值越接近零，發(fā)生這一事件的可能性越小。從搜索的角度看，E值越小，比對結(jié)果越顯著。默認值為10，表示比對結(jié)果中將有10個匹配序列是由隨機產(chǎn)生，如果比對的統(tǒng)計顯著性值（E值）小于該值（10），則該比對結(jié)果將被檢出，換句話說，比較低的E值將使搜索的匹配要求更嚴格，結(jié)果報告中隨機產(chǎn)生的匹配序列減少。
p值表示比對結(jié)果得到的分數(shù)值的可信度。一般說來，p值越接近于零，則比對結(jié)果的可信度越大；相反，p值越大，則比對結(jié)果來自隨機匹配的可能性越大。
到此，以上就是小編對于blast和bomb的問題就介紹到這了，希望這4點解答對大家有用。
本文標題：blast蛋白是哪個？（BLAST中blastn和blastp的區(qū)別有哪些）
文章源于：http://m.fisionsoft.com.cn/article/coccgcj.html
