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conda是一個(gè)包，依賴和環(huán)境管理工具，適用于多種語(yǔ)言，如: Python, R, Scala, Java, Javascript, C/ C++, FORTRAN，下面為大家詳細(xì)講解一下Linux下安裝并使用conda具體方法。
創(chuàng)新互聯(lián)"三網(wǎng)合一"的企業(yè)建站思路。企業(yè)可建設(shè)擁有電腦版、微信版、手機(jī)版的企業(yè)網(wǎng)站。實(shí)現(xiàn)跨屏營(yíng)銷，產(chǎn)品發(fā)布一步更新，電腦網(wǎng)絡(luò)+移動(dòng)網(wǎng)絡(luò)一網(wǎng)打盡，滿足企業(yè)的營(yíng)銷需求！創(chuàng)新互聯(lián)具備承接各種類型的網(wǎng)站設(shè)計(jì)制作、網(wǎng)站設(shè)計(jì)項(xiàng)目的能力。經(jīng)過(guò)十年的努力的開(kāi)拓，為不同行業(yè)的企事業(yè)單位提供了優(yōu)質(zhì)的服務(wù)，并獲得了客戶的一致好評(píng)。
conda下載
直接在搜索引擎搜索 conda 清華，進(jìn)入Anaconda | 鏡像站使用幫助 | 清華大學(xué)開(kāi)源軟件鏡像站 | Tsinghua…，找到“Miniconda 安裝包可以到 https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/ 下載?！保c(diǎn)擊下載頁(yè)面，下載軟件并安裝。（miniconda是anaconda的輕量級(jí)替代，安裝它就不用安裝anaconda，miniconda的功能足夠我們后續(xù)安裝軟件使用，不需要同時(shí)安裝兩個(gè)）,我安裝的是miniconda。 根據(jù)自己的Linux系統(tǒng)選擇安裝對(duì)應(yīng)的版本
miniconda安裝
安裝最新版本的linux版示例：bash Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh,你可能會(huì)遇到下面的提示：
Please, press ENTER to continue
>>>
# 此處直接點(diǎn)擊enter即可
===================================
Miniconda End User License Agreement
===================================
.......
# 這里點(diǎn)擊好幾次空格鍵，直到出現(xiàn)下面行
Do you accept the license terms? [yes|no]
[no] >>>
# 這里輸入yes，點(diǎn)擊enter
# 如果輸入錯(cuò)誤，比如輸入yess，又刪除不了，此時(shí)你應(yīng)該按enter,重新輸入yes即可
[/home/you/miniconda2] >>>
# 遇到此處時(shí)，直接enter即可
# 這里的絕對(duì)路徑是指miniconda2的安裝路徑
installation finished.
Do you wish the installer to initialize Miniconda2
in your /home/you/.bashrc ? [yes|no]
[no] >>>
# 這里輸入yes
# 剛開(kāi)始學(xué)的人最好輸入yes，目的是讓conda自動(dòng)給你配置環(huán)境變量
# 輸入yes的結(jié)果是：~/.bashrc這里文件里最后幾行多了conda的配置信息
# less ~/.bashrc,多出來(lái)的配置信息第一行如下：
# added by Miniconda2 4.5.12 installer
.......
Thank you for installing Miniconda2!
# 出現(xiàn)這個(gè)代表安裝成功
# 執(zhí)行下面語(yǔ)句
source ~/.bashrc
# 執(zhí)行后，本身就是沒(méi)有任何提示
conda --help
# 出現(xiàn)conda的幫助文檔信息，即表明conda安裝成功
# 這里很重要，不管安裝什么軟件，都要檢測(cè)是否安裝成功！
# 如下所示
usage: conda [-h] [-V] command ...
conda is a tool for managing and deploying applications, environments and packages.
Options:
......
# 繼續(xù)調(diào)取conda子命令的幫助文檔，如
conda create --help
conda install --help
miniconda配置鏡像
因?yàn)閏onda安裝軟件類似R需要從就近的鏡像里安裝包一樣，因此軟件安裝成功后，必須配置鏡像；但是不同于R安裝包，這里軟件安裝一次，只需要設(shè)置一次鏡像，此后不需要再次設(shè)置！
當(dāng)然，R語(yǔ)言也可以通過(guò)寫配置文件，達(dá)到一次設(shè)置，永久使用鏡像的目的。
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes
將上述語(yǔ)句，一句一句運(yùn)行在linux命令行上，即復(fù)制一句，按一下enter鍵，原則上沒(méi)有任何提示即為設(shè)置成功； 配置信息保存在 ~/.condarc 里，cat ~/.condarc即可查看！
創(chuàng)建小環(huán)境
安裝軟件前，先設(shè)置一個(gè)小環(huán)境，不要直接在自己賬戶的當(dāng)前環(huán)境內(nèi)安裝軟件；
怎么理解這句話呢？比如你在家里的儲(chǔ)藏室放了A東西，但是你還可以再放進(jìn)去一個(gè)柜子，柜子里還可以繼續(xù)儲(chǔ)藏東西，這個(gè)柜子就類似一個(gè)小儲(chǔ)藏室，一個(gè)小環(huán)境，并且儲(chǔ)藏室的環(huán)境包含了這個(gè)柜子的環(huán)境~
你可以創(chuàng)建很多小環(huán)境名，有的小環(huán)境壞了，你不要就可以了，就好比柜子壞了，你可以扔了，但是如果你把自己賬戶環(huán)境折騰壞了，好比儲(chǔ)藏室被你搞壞了，那恢復(fù)的代價(jià)就高了~~~
conda create -n rna
# 創(chuàng)建一個(gè)小環(huán)境名為rna
conda install python=2
# 安裝python 2版本
# 以上兩句話可以等同于一句命令：conda create -n rna python=2
查看小環(huán)境
conda info -e
conda info --envs
conda env list
# 都是來(lái)查看已經(jīng)存在小環(huán)境名的
# 運(yùn)行后如下：rna即為剛剛建立成功的小環(huán)境名
$ conda info -e
# conda environments:
#
base * /home/you/miniconda2
rna /home/you/miniconda2/envs/rna
進(jìn)入小環(huán)境
創(chuàng)建小環(huán)境后，安裝軟件前，一定要進(jìn)入/激活小環(huán)境在安裝，否則會(huì)安裝到當(dāng)前賬戶環(huán)境下。
source activate rna：激活小環(huán)境名為rna的環(huán)境
激活成功顯示為：(rna) you 16:49:30 ~，用戶名前多了(rna)
進(jìn)入小環(huán)境
創(chuàng)建小環(huán)境后，安裝軟件前，一定要進(jìn)入/激活小環(huán)境在安裝，否則會(huì)安裝到當(dāng)前賬戶環(huán)境下。
source activate rna：激活小環(huán)境名為rna的環(huán)境
激活成功顯示為：(rna) you 16:49:30 ~，用戶名前多了(rna)
查找軟件
-
從conda網(wǎng)頁(yè)內(nèi)查找：http://bioconda.github.io/conda-recipe_index.html
-
conda search PACKAGENAME：運(yùn)行命令查找是否存在推薦第一種；
安裝軟件
第一步：先從bioconda鏡像查看軟件名具體是什么？一個(gè)字母都不能錯(cuò)
第二步：conda install 軟件名
第三步：成功調(diào)取軟件幫助文檔==確定安裝成功
這里有點(diǎn)類似R包的安裝，裝后需要library()一下，才能確認(rèn)安裝成功
安裝方法：conda install -y sra-tools trim-galore
參數(shù)解釋：-y要不要均可，是問(wèn)你同不同意安裝，不要的時(shí)候，需要手動(dòng)輸入一個(gè)y，自己嘗試后就理解了這句話含義；sra-tools trim-galore安裝兩款軟件，默認(rèn)安裝最新版； 注意 trim-galore 一個(gè)字都不能錯(cuò)，一個(gè)字都不能錯(cuò)，重要的事情說(shuō)三遍！
指定軟件安裝版本
conda install numpy=1.11：即安裝能模糊匹配到numpy版本為1.11
conda install numpy==1.11：即精確安裝numpy為1.11的版本
| Constraint type | Specification | Result | |
|---|---|---|---|
| Fuzzy | numpy=1.11 | 1.11.0, 1.11.1, 1.11.2, 1.11.18 etc. | |
| Exact | numpy==1.11 | 1.11.0 | |
| Greater than or equal to | “numpy>=1.11” | 1.11.0 or higher | |
| OR | “numpy=1.11.1 | 1.11.3″ | 1.11.1, 1.11.3 |
| AND | “numpy>=1.8, | 1.8, 1.9, not 2.0 |
更新軟件
conda update conda：更新conda
conda update bwa：更新bwa；前提是已經(jīng)安裝成功bwa
查看已安裝軟件
conda list：在當(dāng)前小環(huán)境下，列舉所有安裝軟件。
示例：
source activate rna
conda list
列舉rna小環(huán)境內(nèi)安裝的所有軟件
退出小環(huán)境
conda deactivate: linux下conda退出小環(huán)境命令
移除小環(huán)境
conda env remove --name bio-env：刪除小環(huán)境及里面的內(nèi)容
其他注意內(nèi)容
pip安裝
先安裝python，才能使用pip安裝python的軟件，如pip install multiqc
miniconda安裝失敗
-
刪除安裝目錄，如果安裝到了/home/you/miniconda2里，執(zhí)行
rm -r /home/you/miniconda2
-
刪掉~(yú)/.bashrc最后幾行conda寫入的信息(# added by Miniconda2 4.5.12 installer下面幾行一般都是)，如果沒(méi)有# added by Miniconda2 4.5.12 installer的話，即表明conda配置的信息沒(méi)寫入成功
然后按照上述步驟重新安裝！
conda網(wǎng)絡(luò)錯(cuò)誤
報(bào)錯(cuò)如下；
CondaHTTPError: HTTP 000 CONNECTION FAILED for url
Elapsed: -An HTTP error occurred when trying to retrieve this URL.HTTP errors are often intermittent, and a simple retry will get you on your way.
實(shí)際上，我已經(jīng)設(shè)置好了鏡像
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/freeconda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forgeconda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/biocondaconda config --set show_channel_urls yesconda config --showconda install -y -c bioconda homer
人為指定channel 可以解決bug
conda install -y -c https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda homer
conda 安裝軟件經(jīng)常沖突
事實(shí)上不可能有十全十美的工具，conda非常簡(jiǎn)易的管理了多個(gè)軟件流程，那么必然也會(huì)有解決不了的事情，必然同一個(gè)流程的兩個(gè)python軟件基于不同版本的python包，就尷尬了。
Solving environment: failedUnsatisfiableError: The following specifications were found to be in conflict: - rsemUse "conda info " to see the dependencies for each package.
沒(méi)什么好的辦法，只能說(shuō)把沖突的工具安裝到不同的子環(huán)境。
Solving environment: failedPackagesNotFoundError: The following packages are not available from current channels: - salmon - boost=1.64 - salmon - libcxx==4.0.0
配置鏡像出錯(cuò)
conda: command not found# 表明環(huán)境變量里找不到conda這個(gè)軟件# 出錯(cuò)原因：.bashrc里沒(méi)有配置conda的PATH或者配置過(guò)但是沒(méi)有source ~/.bashrc# 檢驗(yàn)方法：運(yùn)行echo $PATH，查看是否含有conda安裝路徑Warning: 'https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge' already in 'channels' list, moving to the top# 表明之前已經(jīng)運(yùn)行過(guò)這句代碼# 復(fù)制鏡像配置語(yǔ)句時(shí)復(fù)制錯(cuò)誤，需要重新配置時(shí)，需要?jiǎng)h除鏡像配置文件rm ~/.condarc # 然后重新配置，參考miniconda配置鏡像
總結(jié)
一步安裝conda并且配置好一個(gè)ngs組學(xué)環(huán)境
wget -c https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh# miniconda2軟件下載成功bash Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh# 遇到y(tǒng)es/no輸入yes，其他直接enter搞定source ~/.bashrcconda --help# miniconda2安裝成功，并成功配置好環(huán)境變量conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/freeconda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forgeconda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/biocondaconda config --set show_channel_urls yes# 配置鏡像成功conda create -n rna python=2# 創(chuàng)建小環(huán)境成功，并成功安裝python2版本# 每建立一個(gè)小環(huán)境，都要裝一個(gè)python=2的軟件作為依賴source activate rna# 成功激活進(jìn)入小環(huán)境，即可安裝軟件conda install -y fastqc# 出現(xiàn)三個(gè)done,即表示安裝成功，否則重新提交命令fastqc --help# 成功出現(xiàn)幫助文檔，fastqc軟件安裝成功conda install -y sra-tools# 出現(xiàn)三個(gè)done,即表示安裝成功，否則重新提交命令prefetch --help# 成功出現(xiàn)幫助文檔，sra-tools軟件安裝成功# 安裝什么軟件，并不等于調(diào)用什么命令--helpsource deactivate# 成功退出rna小環(huán)境# 或直接退出當(dāng)前賬戶
更多組學(xué)環(huán)境
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https://www.jianshu.com/p/5bce43a537fd
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https://mp.weixin.qq.com/s/a4qAcKE1DoukpLVV_ybobA
當(dāng)前題目：Linux下安裝conda包管理工具
本文地址：http://m.fisionsoft.com.cn/article/cdghhph.html
