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在蛋白質(zhì)領域的研究中，分類數(shù)據(jù)庫備受關注。其中，SCOP（Structural Classification of Proteins，蛋白質(zhì)結構分類系統(tǒng)）是一種非常有價值的分類數(shù)據(jù)庫，主要用于對已知蛋白質(zhì)進行分類和命名。SCOP的誕生給研究者提供了一種歸納不同蛋白質(zhì)結構的方法，其準確性和可靠性已經(jīng)得到了廣泛的認可。本文將著重介紹SCOP的分類方法、特點以及在蛋白質(zhì)領域研究中的應用。
一、SCOP分類方法
SCOP分類系統(tǒng)主要從結構上對蛋白質(zhì)進行分類，這是與其它分類系統(tǒng)的主要區(qū)別。SCOP分類結構涉及聚合基元、態(tài)形態(tài)等復雜的結構分析技術，同時也需要進行人工審核和整理。SCOP將蛋白質(zhì)結構劃分為四個層次：超家族、家族、蛋白質(zhì)和Peptide，其中Peptide通常是一條蛋白質(zhì)鏈中的片段。超家族是更大的分類單位，包含很多家族和單獨蛋白質(zhì)，而家族和單獨蛋白質(zhì)是更小的分類單位。
在進行結構分類時，SCOP的目標是要尋找結構上的同源性，也就是說，尋找拓撲相同的結構元素。為了實現(xiàn)這個目標，SCOP將同源性分為三個級別。之一級同源性包括由一組拓撲外形、序列含量、成分保守性等共同決定的同源蛋白；第二級中的蛋白具有共同原始構造的結構元素；第三級蛋白的結構特點則是單獨的超微結構、折疊模模式或者是局限于某些構造特征。
二、SCOP特點
1. SCOP分類準確性高
由于結構上的同源性是蛋白質(zhì)分類的主要依據(jù)，而拓撲外形、序列含量、成分保守性等共同決定的同源蛋白在SCOP系統(tǒng)中被放到了之一級，因此SCOP系統(tǒng)對蛋白質(zhì)的分類具有很高的準確性。此外，SCOP通過一系列的分類標準，例如蛋白質(zhì)的序列之間的同源性、蛋白質(zhì)的折疊模式等，使得分類更加徹底。
2. SCOP具有良好的細節(jié)分類能力
不同于其它分類系統(tǒng)的是，SCOP分類系統(tǒng)非常注重細節(jié)分類的能力，這在一定程度上可以提高數(shù)據(jù)的可靠性和實用性。例如，所有的非蛋白質(zhì)結構都被限制在其它分類系統(tǒng)中，確保了蛋白質(zhì)結構的精準展示。
3. SCOP數(shù)據(jù)更新及時
SCOP系統(tǒng)自發(fā)布以來一直在不斷地更新?；谛碌男蛄泻蚇MR結構的研究數(shù)據(jù)，SCOP數(shù)據(jù)庫能夠自動地對分類結果進行計算和更新。同時，SCOP的數(shù)據(jù)更新也非常及時，保證了其數(shù)據(jù)的可靠性。
三、SCOP在蛋白質(zhì)領域的研究應用
SCOP作為一種可靠的分類系統(tǒng)，不僅在科技研究領域中具有非常重要的應用價值，同時也廣泛應用于生物信息學分析。其主要應用分為以下幾個方面：
1. SCOP在蛋白質(zhì)結構預測和構建的應用
SCOP能夠給出蛋白質(zhì)結構以及其在分類系統(tǒng)中的結構位置，這使得SCOP廣泛應用于蛋白質(zhì)結構預測和構建中。在蛋白質(zhì)結構預測中，通過將現(xiàn)有的氨基酸序列與SCOP分類系統(tǒng)中的同源蛋白對比，可以預測出其所屬的結構類型，也可以進行蛋白質(zhì)的模擬及其結構構建。
2. SCOP在蛋白質(zhì)結構分析中的應用
通過對SCOP數(shù)據(jù)庫中的分類系統(tǒng)以及其中蛋白質(zhì)的折疊模式的研究，能夠加深對蛋白質(zhì)結構的理解。通過比較分類系統(tǒng)之間的數(shù)據(jù)，能夠找出不同折疊模型之間的關系，從而發(fā)現(xiàn)新的折疊模型，包括未分類和尚未知道的折疊模型等。
3. SCOP在蛋白質(zhì)工程中的應用
SCOP作為一種可靠的分類系統(tǒng)在蛋白質(zhì)工程領域中也應用廣泛。通過在SCOP分類系統(tǒng)中尋找特定結構類型的蛋白質(zhì)，可以快速找到需要的目標蛋白質(zhì)，并進行研究和處理。
四、結論
作為一種高度可靠的蛋白質(zhì)分類數(shù)據(jù)庫，SCOP在蛋白質(zhì)領域的研究領域應用廣泛，其分類準確性高，有良好的細節(jié)分類能力，數(shù)據(jù)更新也非常及時。在今后的蛋白質(zhì)領域研究中，SCOP的使用將會更加廣泛，能夠精準的描述和解決蛋白質(zhì)研究中的問題。
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- Oracle里，scope=both或者scop=pfile這個選項是做什么用的？謝謝你。
Oracle里，scope=both或者scop=pfile這個選項是做什么用的？謝謝你。
應該襲腔是scope=both和scope=spfile
Oracle 里面有個叫做spfile的東西，就是動態(tài)參數(shù)文件，里面設置了Oracle 的各種參數(shù)。所謂的動態(tài)，就是說你可以在不關閉數(shù)據(jù)庫的情況下，更改數(shù)據(jù)庫參數(shù)，記錄在spfile里面。更改參數(shù)的時候，有4種盯裂scope選項。scope就是范圍
++ scope=spfile 僅僅更改spfile里面的記載，不更改內(nèi)存，也就是不立即生效，而是等下次數(shù)據(jù)庫啟動生效。有一些參數(shù)只允許用這種方法更改
++ scope=memory 僅僅更改內(nèi)存，不改spfile。也就是下次啟動就失拍則衫效了
++ scope=both 內(nèi)存和spfile都更改
++ 不指定scope參數(shù)，等同于scope=both.
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